由微生物（細菌、病毒、真菌）、寄生蟲及昆蟲等生物因子引起的污染，是食源性疾病的主要誘因。常見的致病微生物有大腸桿菌、沙門氏菌、李斯特菌細菌，黃曲霉、青霉等真菌，以及諾如、肝炎等病毒，寄生蟲及昆蟲等生物因子則主要是其蟲卵。這些污染的普遍特性包括，數量巨大，分布廣泛，且無法直觀發現。
在食品廠，我們往往進行分區管理，將生產車間劃分生區、熟區、清潔區，工具顏色區分（如紅色為生食工具，藍色為熟食工具），禁止跨區使用；如果是家用廚房，即便是用處理生肉的刀具直接切熟食，也可能導致生肉中的沙門氏菌轉移至熟食（生物污染），更不用說食物落地，食物掉地后是否能食用，需綜合環境風險、食物特性及污染程度判斷，但風險是普遍存在的。
若地面經過清潔消毒，如食品車間的潔凈區，污染風險很低；車間會根據控制標準將車間分為ABCD四級，先后采用紫外線、臭氧、蒸汽和多種消毒劑進行消殺，這些地方風險相對較低。
若是公共區域，則風險較高，大部分的病原體在不清潔不消毒的情況下，幾乎可以一直存在并不斷累積，比如廁所附近必然布滿大腸桿菌、沙門氏菌，受潮的木地板很難避免黃曲霉、青霉，田間地頭則很可能有蟲卵。
| 消毒劑類型 | 適用材質 | 有效濃度 | 禁忌場景 |
|---|---|---|---|
| 75% 酒精 | 金屬、玻璃、塑料 | 體積比 70%-75% | 廚房明火附近（閃點 13℃） |
| 含氯消毒劑 | 瓷磚、不銹鋼 | 有效氯 500-1000mg/L | 銅制品（易產生銅綠）、織物 |
| 季銨鹽類 | 電子設備、織物 | 0.2% 濃度 | 不能與肥皂同用（降低效果） |
| 過氧乙酸 | 空氣、地面 | 0.5% 溶液 | 金屬表面（強氧化性） |
| 次氯酸水 | 果蔬、餐具 | 50-100mg/L | 長時間光照（易分解） |
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